Në momentet kur doli urdhri për arrestimin e tij, Gëllçi nuk ndodhej në kryeqytet, madje as efektivët e uniformave blu nuk kishin informacion se ku ai ndodhej. U duk e vështirë të gjendej vendndodhja e tij, kjo për shkak se prej kohësh nuk kryente telefonata apo mesazhe nëpërmjet celularit të tij. Dyshimet ishin se ish-drejtori kishte në përdorim programe, të cilat nuk përgjohen , e njëri prej tyre është “Whatsapp”. Mundësia e vetme për të gjetur Gëllçin, ishte përdorimi i telefonit nga ana e tij, gjë të cilën nuk po e bënte. Në këtë moment, agjentët menduan diçka tjetër, të gjenin një person të tretë i cili kishte kontakt me të. Ishte pikërisht ish-shoferi i tij në RTSH, personi i cili ra në “rrjetën” e efektivëve të policisë. Ata kontaktuan me ish-shoferin, i cili ktheu një përgjigje negative për sa i përket Gëllçit, duke pohuar se nuk kishte më kontakte me të. Në anën tjetër, agjentët vendosën në përgjim telefonin e shoferit, me shpresën se ai do të komunikonte me ish-shefin. Pas disa minutash, skema funksionoi, shoferi bëri një telefonatë drejt Gëllçit në të cilën e vinte në dijeni se po e kërkonte policia. Menjëherë një pajisjen gjurmuese vjen dhe sinjali i telefonit, i cili tregonte se ish-drejtori i akuzuar nga SPAK, po qëndronte në një fshat të Ersekës, në shtëpinë e nënës së tij.
Efektivët komunikuan me Thoma Gëllçin, duke i kërkuar një takim për t’i bërë disa pyetje, por sapo ai është afruar, u arrestua menjëherë. Pas prangosjes, Gëllçi u soll menjëherë në paraburgim në kryeqytet.
